十天之後，沈飛收到邸報和密信的訊息，錦衣衛“教導連”正式威了，錦衣衛也進行了徹底的改組。
事情還是從整頓京營開始的，張慶臻把整頓京營的事情辦砸了，還拖下水了劉鴻訓，使內閣成員來了地震式的大換血，京營的整頓卻還要繼續。崇禎在兵部和吏部的推薦下，在文華殿召集了寧陽侯陳光裕、襄城伯李守琦、清平伯吳遵周，誠意伯劉孔昭四個人，讓他們各自說說整頓京營的想法，幾個人面試下來以李守琦的想法最有條理，說出了十幾條措施，自信程度堪比茅元儀，似乎只要任用他就能掃除京營弊端，整頓出十萬精兵來，讓崇禎大讚人才，任命他提督京營，可是沒過幾天馬上就碰了一個大釘子。
李守琦上任以後，一開始確實雷厲風行地幹了幾件事，四天內就宣佈清退老弱三千多人，把一千多個冒名頂替的人打了一百軍棍，又砍十幾個在街頭打架鬥毆的營兵，這樣一通雷霆手段下來，自以為可以嚴明軍紀，把京營收拾了服服貼貼，就上疏誇耀。
可是到了第六天，就有一隊京營士兵，不知道在誰的指使下，帶著兵器，騎馬在街上橫衝直撞，喝了酒後，衝到店鋪裡搶劫並砍傷了店主，甚至一路衝到皇宮附近的大明門外，揮舞兵器大聲吵鬧。錦衣衛上去查問，這些士兵說是襄城伯讓他們長長血性，和錦衣衛生了衝突，最後錦衣衛和巡捕營聯合才把二十多個人制服抓捕。
京營士兵公開作亂，性質嚴重。這還只有二十多人，如果是兩百、兩千麻煩就大了。雖然很容易就能想明白這事情不可能是李守琦指使的，是有人在使壞想把李守琦整下去，攪黃京營整頓的事情，可是畢竟是在擔任京營提督以後鬧出來的亂子，他也肯定有責任，崇禎只能把他停職，第二次整頓京營又宣告中斷失敗。
崇禎又找了一些武官勳貴問京營究竟是怎麼回事，誠意伯劉孔昭感嘆，京營的營兵都是北京的老居民，標準的地頭蛇，和京城裡方方面面的勢力都有聯絡，身份從販夫走卒，到權貴僕從，從錦衣衛到太監宮女家屬乃至后妃外戚，幾乎每一個都有背景，整治哪有這麼容易的？高文彩也說北京城裡的流言大多出自三大營，一人造謠進營傳到一隊，一隊傳一營，一營能傳遍全城、傳到滿朝文武、傳進內廷，煽動力極強。恭順侯吳汝胤更直說誰真下手整治京營，沒有幾天真假各種流言就遍佈北京城，還沒治營兵，自己就先被治了。
崇禎看他們都叫苦，問京營莫非就沒法治了？劉孔昭連嘆艱難。崇禎問如果自己來治呢？吳汝胤說崇禎日理萬機，哪有空親自治理京營，接著說了大實話，明槍易躲暗箭難防，營兵大多是幾代久居京城，人脈廣泛，親友遍及各行各業。工匠酒食醫藥都有相關，如果暗處做些手腳也難查難防，崇禎也難保萬全。武宗和熹宗都是落水不久病死，誰也保證不了沒有蹊蹺。崇禎就決定京營先不動，還是先調來自己的嫡系力量，閻應元訓練的錦衣衛教導連再說。
崇禎向高文彩詢問了訓練情況，短短不到兩個月的訓練，如果讓這支教導連和後金精銳拼殺還不行，不過先整治內部已經夠了。崇禎就讓高文彩秘密把閻應元率領的這支教導連調進北京皇宮裡。當天下午讓這一百三十三人分成十三隊穿便服分批騎快馬進了北京。
北京城達官勳貴雲集，每家都養了不少家丁，還有一些大商幫僱請的保鏢，人數比這多的都有不少，不會引起注意。傍晚高文彩安排他們在城裡一處秘密地點集結，給他們換上了錦衣衛制服和腰牌，按正常的錦衣衛輪值換班程式，把這些人安排進了皇宮，崇禎檢閱後個個都精悍有懾人的氣勢。
當天晚上半夜，崇禎把教導連安排在了武英殿內外，召集相內閣輔、次輔，兵部尚書、兵科都給事中和幾個給事中以及錦衣衛高官，開了次小規模會議，提出了整頓錦衣衛。
說到任用官員推薦的勳貴整頓京營連連受挫的事情，說明憑資歷身份任用人辦事是不行了的。想振作武備不能再因循舊制，論資排輩，要打破用人制度開始，能力出眾的，不管出身地位怎麼樣都應該重用。能力平庸低劣，不管家世怎麼尊貴，官職品階怎麼高，都不能再佔高位了。
京營要一下子整頓好不容易，就先從護衛親軍錦衣衛開始整頓。錦衣衛已經裁減一半，不過光裁減校尉、將軍、力士還不夠。錦衣衛官員要換，產生錦衣衛各級統領的方式也要換。錦衣衛掌衛事鄭士毅問怎麼換法，崇禎說直接透過教場比武，勝出的可為錦衣衛統領，不必再由兵部論資排輩推舉人選。
韓爌經過兩次內閣成員出事，已經不想在沾惹麻煩，說錦衣衛人事，向來是兵部和錦衣衛堂上官決定的，他沒什麼意見。一副不支援、不反對、不關心，能不管就不管的態度。王在晉表示支援，事情是因為他推薦的人整頓京營失敗引起了的，他本來就有愧，加上在被彈劾事件中崇禎把他保了下來，當然不會有異議。
兵科都給事中熊奮渭，雖然沒有進2臣傳，後來也是降了清的。一開始想表示反對，剛說了沒幾句，就看到了崇禎殺人的眼光。崇禎打算如果有人反對就直接杖殺立威強行推行的，不過那樣後續的事會加大阻力，是作為最後的手段。幸虧熊奮渭被崇禎的眼光嚇住了，中途轉向說自己不在行，突然間分析不出利害得失，還是聽聽其他給事中的看法。熊奮渭不當出頭鳥踢了皮球，其他給事中當然不會表示異議，許譽卿更表示本來就應該這樣。
接下來崇禎又敲打了一下錦衣衛高官裡的南鎮撫司指揮徐本高，徐本高是徐階的孫子，是文官的代表。南鎮撫司的職能是監察錦衣衛內部，錦衣衛本來是監察官員的，結果錦衣衛內部監察掌握在一個官員利益代表手裡，那職能等於被廢了一大半，隨時可以收拾看不順眼的錦衣衛，徐本高後來也降了清。
崇禎指出徐家和牽連進袁崇煥案的原閣臣鐵龍錫是姻親，在錢龍錫是庶吉士時就和他結親，如果沒有被拿下，遲早是輔，結果一個主持內閣，一個主持錦衣衛，就沒人管得了他們了，把徐本高說得臉色白，他們家確實有這個謀劃。
敲打完徐本高，崇禎直接提出後天讓他們召集錦衣衛在京營教場集合。讓他們自己上也行，推選其他人也行，一百三十二人為一組，和閻應元率領的教導連對練，勝出的升為錦衣衛指揮使掌衛事。鄭士毅提出崇禎選中了閻應元，他肯定早有準備。派一組沒有準備不知深淺的上前比試，結果不夠公平。崇禎提出可以派出五組人進行車輪戰，可以先派前面幾組試探。這下鄭士毅找不出反對的理由，只能答應了下來。
到了日子較場比武結果閻應元的錦衣衛教導連五戰全勝，本來雙方持的兵器都是包了白灰布包的木棍，比試以後清點雙方身上的白灰印記數量，以點數少者為勝。不過這個規則沒起到作用，錦衣衛原營裡選出的五隊人，幾乎都是全體躺在了地上戰敗的。大多交戰兩個回合就大部分躺下了，少數還能站著的也支撐不了下一回合，又比火器、射箭，結果還是教導連完勝。旁觀的鄭士毅、徐本高都是先目瞪口呆，直到最後垂頭喪氣。
比試完了以後，崇禎就按事先的約定，約錦衣衛進行了徹底的改組，任命閻應元為錦衣衛指揮使掌衛事。教導營一百三十二人，都提升為至少百戶的職務，就是每個人至少都能率領一百人以上的隊伍，之前在幽都山秘密營地裡，他們各自招募訓練的一百人就可以直接調到他們名下，成為正式的錦衣衛校尉。
這樣一來，閻應元就掌握了一萬三千兩百人的錦衣衛精銳，加上整編消化現有的其他錦衣衛力量，至少就有了兩萬人的實力。崇禎終於有了可以推行變革的武力後盾。
崇禎就把原來負責皇宮守衛的金吾衛、羽林衛、虎賁衛也都併入了錦衣衛，錦衣衛組織結構成為四營二司，分別是樞銳營、校事營、侍從營、緹騎營、北鎮撫司、南鎮撫司。
樞銳營就是編制兩萬人，就是軍隊，一律按軍隊實戰標準進行訓練。錦衣衛有一個“衛”字，又稱為皇帝的“親軍”，性質先就是軍隊，而不是一般人們以為的情報機構。
第一期樞銳營軍官從教導連裡抽調，以後的計劃，閻應元建議從全國各州縣十四歲以下的童生中透過考試選拔身體強健、頭腦聰明、性情剛毅的一千人送到京城，給過考核選出三百人進入國子監講武堂學習，每天進入皇宮教場，由皇帝每天抽出一個時辰，親自監督訓練。兩年以後，把這三百人分別送到各邊鎮鍛鍊一年，讓這三百人各自率兵比試選出樞銳軍官。
校事營，編制正式成員六千人，臨時成員不限，這個才是後世人們一般以為的錦衣衛職能，情報機構，負責偵查收集各類情報。沈飛知道胡適寫過一篇考證文章《曹魏的校事制度》，認為是中國最早的情報組織，“校事”一詞大概就是源自於此。
校事營可以在各行各業中展秘密成員，建立直達中樞的秘密聯絡渠道，觸角可伸入邊軍、京營、各土司、境外屬國、夷狄部落、宗藩王府。沈飛主持的對付武林人物的機構也掛在校事營下，安劍清已經送來了沈飛和完顏萍的錦衣衛制服和腰牌，校事營副指揮僉事，有個副字是因為沈飛不管情報工作，專職對付武林人物。還送來5o塊百戶腰牌讓他們任命招募的手下，兩個還有一個指揮使加銜，和閻應元平級，突顯兩人的地位。
侍從營編制三千人，從樞銳營選拔優秀者組成，以個人格鬥能力強者擔任，就相當於皇帝的警衛營。侍從營主官指揮僉事，閻應元特別推薦由張淵擔任，張淵二十四歲，是教導連裡的優秀者，戚繼光《紀效新書》中提到的十六個武術流派中綿張短打的傳人，從小習武，也精通各種器械，在之前的訓練中對各種陣法者是一點就通，極其聰明，才被閻應元選中作為崇禎的護衛。雖然之前沈飛給過崇禎太監成的《葵花寶典》，不過再怎麼成也需要至少一年時間，即便林平之也不是毫無基礎的，先讓他頂一下也可以。
緹騎營散佈各州縣，為常設錦衣衛精銳騎兵組織，每縣至少常備十人，負責快傳遞訊息，協捕重犯，京城緹騎營三千人。北鎮撫司監察百官和專管詔獄，南鎮撫司監察錦衣衛內部，職能和原先一樣。
另外把錦衣衛裡原先負責儀仗擺設的分離出去，獨立設儀鸞衛。這部分裝點門面的當然經費被縮減到了最小，原來的錦衣衛高管鄭士毅、張道浚、劉僑、吳孟明、徐本高等人，都划進了儀鸞衛中。並且規定以後凡是恩蔭世襲進的錦衣衛統統歸入儀鸞衛，錦衣衛和各級校衛的將官都必須嚴格考核選拔產生。
這個方案一公佈，原來那些錦衣衛高官大多面如土色，但是都毫無辦法，畢竟這個方案是之前官員都同意的。到這一步，對錦衣衛的改組整頓，初步架構已經完成。
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