兩株寶藥到手，時間已經兩個月過去。沈飛和完顏萍的行程也沒有原來那樣急匆匆了，開始在浙江各地慢慢閒逛。這次出來是關於醫藥方面的事情，沈飛順便想驗證一下後世一箇中醫的說法。李明珍《本草綱目》中提出“古今異制，古之一兩，今用一錢可也”，成為此後醫家用藥的劑量的標準，明代一錢大約3.7克，民國一錢約3.1克，連現代《方劑學》教材都按這個標準以1兩3克折算張仲景《傷寒論》裡的劑量。直到八十年代漢代大司農權出土，搞清楚了漢代一兩的份量，現了這個問題，才引起了對李時珍的懷疑。被詬病者稱為“從李時珍一直錯到中國藥典”。
也就是說以李時珍的說法為標準，從明末開始《傷寒論》經方里使用的劑量只有原方的十分之一，藥效可想而知。明末是大瘟疫爆的時候，沈飛化裝連換了幾個面目在民間行醫，找了一些病人試了試，按《傷寒論》原方劑量用藥效果如神，而按李時珍的標準把劑量減到十分之一則根本無效，後世中醫的懷疑沒錯，確實是李時珍誤導了用藥劑量。
沈飛猶豫要不要點破一點，想了想還是放棄了。既然決定了旁觀，就不要過度插手一些事情，否則單憑沈飛和完顏萍兩個人就可以殺穿整個清軍。崇禎六年明末大瘟疫就會在山西爆，醫生們就是治療這次瘟疫時現《傷寒論》的經方不管用了，另尋對策，這才從吳有性《瘟疫論》開始催生了溫病學，到後來經過葉天士、吳鞠通等人展，成了中醫一個重要分支。
而且吳有性對瘟疫形成的原因“疹氣”與現代病毒概念一致。薄珏製作玻璃鏡繼續鑽研下去，或許再過些年就能製作出顯微鏡，確定能現“疹氣”。一次大瘟疫爆和醫治，能促進醫學和科學重大進展，沈飛想著還是不要打亂這個過程了，只需要兜底，確保一些重要人物在瘟疫中的安全，不至於使局勢惡化就行了。
在浙江行醫閒逛的過程中，聽到一些茶館酒樓書院的議論，沒有想到吳昌時卑劣小人，膽大包天，策劃了焚燒玄武湖黃冊案，甚至找倭人刺客南京戶部尚書兼管吏部的鄭三俊，還有平時秘宅養一些美女招待各種官員進行性賄賂的事情，還看到一些小冊子和說書人到處宣揚這些事情，不過比較零碎，拼湊不出事件的全過程。
玄武湖在南京，遇刺的鄭三俊也是南京高官，加上董應舉說的製作餖版拱花的刻印專家吳正言也在南京，崇禎派閻應元南下整頓南京錦衣衛和京營，還有要收拾的左光先和陳洪範兩個人也都在南京，南京是整個事件的中心，有很多重要人物在那裡，看來只有去南京才能瞭解的事情的來龍去脈了，當下沈飛和完顏萍兩人又迅趕往了南京。
一到南京就先見到了閻應元，閻應元在第一次登場遇到崇禎時就看到過沈飛和完顏萍在場，知道兩人也是崇禎的核心親信圈子裡的人，得知沈飛想了解吳昌時案情，就又像他介紹了錢謙益，講述起了事件的過程。
錢謙益剛到南京第一天，就遇到了玄武湖黃冊被燒事件，火勢遍及島上各處房屋，明初到現在兩百多年的黃冊全部被燒，島上有負責定期晾曬黃冊的五十個南京國子監監生、三十個辦事吏員、三十七個水兵、兩個醫生，算趕來將近三百多人，這些裡有很多不會水不能跳湖逃跑的，被燒死燒傷幾十個人。
雖然黃冊兩百多年都是照抄胡編，但是畢竟是國家重要檔案，更別說死傷這麼多人，已經算是潑天大案了。在場的吳昌時說前幾天冒闢疆應邀去閹黨餘孽阮大鋮家裡喝酒看戲，就聽阮大鋮酒後說現在要人口普查，後湖兩百多年的黃冊都沒用，一把火燒了最好，一定是阮大鋮指使人乾的。
這案子如果深入調查島上將近三百人沒有死的一一詢問不知道要多久，下午又出現一個大案，南京戶部尚書鄭三俊從玄武湖大火現場回來，騎馬回戶部衙門時，剛一下馬就被埋伏在街邊屋頂上的刺客打了一鳥銃，擊中肩部靠近脖頸處，南京從來沒有出過這樣的事情，當時鄭三俊身邊都是一些文職的師爺和衙役，驚慌間只忙著救護，沒人注意兇手的去向。不過已經又傳出風聲說又是閹黨餘孽乾的，要在南京製造變亂，先在玄武湖黃冊庫房縱火，接著又刺殺鄭三俊。鄭三俊現在正在昏迷中，死活還不知道。
錢謙益不想陷在南京的案子中，提出先到崑山去看看。那裡離張溥和張採的故鄉太倉很近，算得上士子勢力核心地區，汪汝淳也同意了。阮大鋮這時不太南京，他的宅子當天已經被南京士子圍攻過一次，他女兒阮麗珍以當眾自殺威脅才逼退了眾人，錢謙益在外圍看見了。當晚臨走前交代王世德保護一下阮大鋮宅子和阮麗珍的安全就先去了崑山。
剛到了崑山就遇到退休閣老顧秉謙被當地士人和鄉民圍攻，八十多歲棄家逃走，宅子都被燒了，顧秉謙當過魏忠賢的走狗，天啟六年辭官回鄉，自然被當成了閹黨。打聽後得知之前有書生來拜訪縣令秦士奇，說要建立復社，在蘇州舉辦尹山大會，想先整治一下顧秉謙立威，整肅一下風氣。
錢謙益和汪汝淳來了顧家宅子外面遇到秦士奇和一群士子，得知是秦士奇事先指點顧秉謙家人射到一艘船上去了。錢謙益詐問在場士子領歸莊和顧絳，果然是吳昌時指點的，又以賞銀向在場鄉民打聽出了傳話是一個叫成林計程車子，又打聽出一個重要訊息，吳昌時聯絡松江府當地秀才彭雯，最近聯絡鄉民幫忙，要煽動百姓趕走執行戰時政策的知府方岳貢。不過方岳貢在當地很有威望，這事要費些手腳。
兩個又來到松江府找到了成林和十幾年焚燒顧秉謙家計程車子鄉民，抓了趕來一通嚇唬後問出了原來江南一些百姓和讀書人對戰時新政有贊同的意向，畢竟江南富豪稅收很少，平時生活豪奢，貧民和窮書生日子卻過得很緊。
朝廷多收稅雖然未必能讓貧民日子好過，卻也限制了富者奢侈生活，貧民心裡舒服平衡了一些。吳昌時謀劃讓江南貧民為他所用，煽動懲戒閹黨餘孽，焚燒抄掠他們的房屋，洩貧民戾氣，轉移仇恨物件，顯示力量。
之後又找到松江知府方岳貢打聽當地有什麼麻煩事，方岳貢說松江有個經營標布的鉅商陳宗裕最近上吊自殺了，留下的遺書又含糊其辭，沒有說清楚自殺原因。他手底下的僱工和鄉遊打砸，說是被朝廷新政苛稅把陳宗裕逼死，昨天還包圍了本地課稅司，方岳貢好不容易才暫時安撫住，聽說還會再鬧起來。
錢謙益追問陳宗裕死因是不是真有徵稅有關，方岳貢否認說新政稅收雖然多，也是從商家盈利中比例抽取，沒有到難以承受的程度。方岳貢和陳宗裕見過他，他對稅收新政沒有多少不滿，反而是商人中對新政比較支援的。如果說是新政的原因，其他抱怨的沒事，他反倒是上吊，說不通。
總算方岳貢在松江當地辦了些實事，有些威望，才暫時安撫住了民眾，否則現在已經出了大亂子，只是事情還沒有平息，陳宗裕手下的織布工匠和接濟近的窮人，現在還群情激奮，稍有煽動，就會再聚集起來，方岳貢這幾天一直提心吊膽。汪汝淳問起松江司宣化司的作用，方岳貢說宣化司裡的童生和生員和那些煽動百姓的生員大多有來往，怕惹上汙名，在這件事情上不怎麼出力。
錢謙益問起陳宗裕死前見到過什麼人，在追問提示下，方岳貢回憶起四十多天前，鼓雯、李賓兩個幾社成員和陳宗裕見過面，在場的還有遠道而來的吳昌時。錢謙益找來彭雯和李賓詢問，兩人提到陳宗裕自殺是因為新政苛稅的原因是他夫人吳瑛說的。
吳瑛的父親、常去的尼姑庵的庵主和吳瑛本人都先後叫了來，詢問後得知吳瑛和吳昌時有私通，又和彭雯經常和庵中相會。吳瑛說陳宗裕的父親本來是海盜汪直手下，做假倭時殺人成百上千，搶劫了不少財富，汪直死後還繼續跟其他真倭掠殺百姓，倭寇被剿滅後才洗手不幹，改名換姓潛伏回來冒充良民。
陳宗裕就是用他父親做假倭時搶來的財富作本錢才成了鉅商，這事是陳家的秘密，陳宗裕前一個老婆就是因為知道了這個秘密，一次和陳宗裕爭吵時說要告，被陳宗裕殺了，假稱是病死的。吳瑛跟陳宗裕久了，也知道了這個秘密，怕被滅口，就把事情透露給了來訪的吳昌時，如果吳瑛死了，吳昌時就會告。
吳瑛家本來在嘉興，小時候和吳昌時是鄰居，視他為長輩。結果吳昌時告訴了他陳家的秘密以後，就威逼要吳瑛和他私通，否則就把事情洩露出去，吳瑛被迫答應了。不過在陳家的日子倒是好過了很多，陳宗裕不敢再打罵吳瑛，反而事事巴結。
吳瑛想著反正已經與人私通，就索性及時行樂，和未婚時有好感的鼓雯又私通了。陳宗裕在脅迫下，安排他們在陳家舊人當庵主的尼姑庵幽會。陳宗裕自殺也是因為受到了吳昌時威逼脅迫，陳宗裕的父親是假倭，經常去日本，和一些日本浪人熟悉，後來不幹海盜了以後，也帶陳宗裕去過日本，陳宗裕也認識一些日本浪人。
這次吳昌時託陳宗裕僱傭日本精通鳥銃的浪人，到南京刺殺官員。這浪人先住在陳家密室裡，刺殺之後又回到松江陳家躲避，然後再找機會回日本。只要刺客回了日本，刺殺案件就無法追查了。
吳宗裕開始不願意，不過有把柄抓在吳昌時手裡，在吳昌時反覆威逼下，只能答應了。卻又提心吊膽，怕刺殺朝廷官員案後，會牽連到家人，有一個八歲的小兒子被他看成珍寶，加上這幾年肚子裡生了一個大腫塊，日夜疼痛難忍，索性就自殺了，想法就算案，他已經畏罪自殺，或許就不會牽連到他兒子。看彭雯和李賓的神情，他們也是知道內情，參與了吳昌時的密謀的。
吳瑛交代出那個日本刺客正躲在和陳家有地道連通的尼姑庵地下密室裡，順線索在尼姑庵裡抓到了日本刺客石田介，審出確實是陳宗裕出錢指使他在南京戶部衙門附近行刺官員，不一定打死，打傷就可以。
錢謙益和方岳貢指揮查抄尼姑庵和陳家，藏在陳家密室裡當年搶劫的金銀珠寶和古董珍玩以外，光是後來經商的資產就折銀八十三萬兩，密室藏寶估計折銀也有四十萬兩。錢謙益決定有一百萬兩在松江試點開辦官辦錢莊，十萬兩作為當地課稅和宣化司的活動經費，剩下十萬兩用來賑濟松江本地的僱工和貧民。
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